diff --git a/Projet.Rmd b/Projet.Rmd index f21af53..dd65c48 100644 --- a/Projet.Rmd +++ b/Projet.Rmd @@ -1,8 +1,8 @@ --- title: "Projet" output: - html_document: default pdf_document: default + html_document: default date: "2024-12-04" --- @@ -25,9 +25,9 @@ library(clusterSim) library(circlize) ``` -```{r} +```{r,echo=FALSE,results = FALSE,message=FALSE,warning=FALSE,fig.show='hide'} set.seed(1234) -.Random.seed = 1234 + T = read.table("DataProjet3MIC-2425.txt",header=TRUE,sep=";") T$ExpT1 = as.factor(T$ExpT1) T$ExpT2 = as.factor(T$ExpT2) @@ -52,14 +52,12 @@ levels(T$ExpT1) # Analyse unidimentionnelle : - -> LES 3 PROCHAINS PLOTS N'APPORTENT RIEN PAR RAPPORT AUX HISTOGRAMMES, JE LES AI DONC CACHES - ## Expression des gênes lors des traitements T1,T2 et T3 Nous avons réalisé 3 histogrammes pour visualiser les effectifs des gènes en fonction de leur expression relative moyenne à 6h suite aux traitements T1,T2 et T3, cette moyenne est représenté par les variables qualitatives nominales ExpT1,ExpT2 et ExpT3 -```{r,fig.cap="Visualualisation des expressions relative des gènes lors du traitement T1,T2 et T3"} +```{r,warning=FALSE} +#fig.cap="Visualualisation des expressions relative des gènes lors du traitement T1,T2 et T3" g1<-ggplot(T, aes(x=T$ExpT1))+ geom_bar()+ ylab("Effectifs")+ggtitle("Effectifs") @@ -178,7 +176,7 @@ On observe une légère tendance des genes s'étant sous-exprimé avec T1 à se ## matrice de covariance des variables quantitatives Nous avons généré la matrice de covariance de nos données sans les variables quantitatives. Suite à cela nous avons remarqué qu'il était inutile d'afficher le réplicat R2 dans la matrice et que cela rendait le graphe moins lisible. Nous avons donc décidé de seulement afficher le graphe de la matrice de covariance avec le réplicat R1. -```{r, fig.height = 18,fig.cap="Visualisation de la matrice de covariance des variables quantitatives"} +```{r, fig.height = 10,fig.cap="Visualisation de la matrice de covariance des variables quantitatives"} cr = cor(T[c(1:18)]) corrplot(cr,method="ellipse", type="lower", bg = "lightgrey",title ="Visualisation de la matrice de covariance des variables quantitatives" ) ``` @@ -231,7 +229,6 @@ Nous décidons de faire directement une ACP car, comme mentionné plus tôt lors ```{r, fig.width=10, fig.height=5, fig.cap="Participation des chaque valeur propre de la matrice de correlation à l'intertie totale des données"} donnees_transposees = t(T[-c(37:39)]) res_pca<-PCA(donnees_transposees,scale.unit=FALSE,graph=FALSE) -res_pca$eig fviz_eig(res_pca,title="Participation des chaque valeur propre de la matrice de correlation à l'intertie totale des données") ``` Ce graphique représente la participation de chaque valeur propre de la matrice de corrélation du jeu de données dans l'inertie totale. L'inertie totale étant la somme des valeurs propres ( qui elles sont les inerties axiale associées à l'axe de vecteur directeur le vecteur propre associé ), chaque valeur propre est donc une fraction de l'inertie totale. @@ -257,23 +254,6 @@ Le traitement 1 est entièrement groupé sur des valeurs très negatives de l'ax Pour le traitement 2 et 3, on les retrouves formant 2 groupements, 1 en haut à droite du graphe contenant les relevés à 2 et 3h puis un groupement s'étalant sur la droite du graphe du centre jusqu'en bas contenant les relevés à partir de 4h. - - -================================================ -axe 1: force du changement d'expression des gènes : si on sur-exprime/sous-exprime de beaucoup ( genre 0=>5) ou pas, polarisation ? - -axe 2 : stabilité de l'expression du gène : vers le haut => ça va changer d'expression bientot, vers le bas => ça se stabilise ( donc les genes pointant vers le haut changent d'expression, et ceux vers le bas ont tendance à rester plutot pareil ) - -> On remarque que les traitements ne sont pas du tout décris de la même manière selon les horaires, mais il y a une régularité d'apparition dans chaque tranche horaire. - -Essayons maintenant de préter un sens à ce que l'on observe : - -En regardant le graphe des individus (résultats aux heures de relevés), on a effectivement les heures groupées à des valeurs negatives de l'axe 1 correspondant aux relevés du traitement 1 qui ne change l'expression relative que de très peu de gènes. - -Pour l'interprétation du second axe, les gènes semblent y être positivement et negativement corrélés quel que soit leur correlation avec l'axe 1. -En regardant les individus, on observe que plus l'heure est tardive, plus ils tendent vers des valeurs negatives sur l'axe 2. De plus, on observe que les points liés aux relevés du traitement 1 ne vont pas énormément vers les valeurs positives. Il semble donc que l'axe 2 soit indicateur des expressions des gènes sont susceptibles de changer - - ## Clustering L'objectif du clustering est de regrouper des individus (ici, les Tt_sH_Rr) en groupes homogènes selon leurs similarités, sans connaissance préalable des catégories. Cela permet d’identifier des profils ou des comportements communs, facilitant l’interprétation des données et la mise en évidence de structures sous-jacentes. @@ -308,7 +288,7 @@ ggplot(df,aes(x=K,y=Iintra))+ On dénote un coude dans la courbe d'inertie intraclasse aux alentours de 4 clusters. À présent on va afficher l'évolution de l'indicateur Silouhette en fonction du nombre de classe ainsi que l'évolution de l'indice de Calinski-Harabasz en fonction du nombre de classe. -```{r,fig.cap="Visualisation du critère de Silhouette et de Calinski-Harabasz en fonction du nombre de classes demandées pour le clustering"} +```{r,fig.cap="Visualisation du critère de Silhouette et de Calinski-Harabasz en fonction du nombre de classes demandées pour le clustering",fig.width=5} set.seed(1234) Silhou<-NULL for (k in 2:Kmax){ @@ -374,8 +354,10 @@ grid.arrange(p11,p12,p21,p22,ncol=2) Après comparaison, on choisit 2 classes car cela nous semble plus optimal que 4. ### clustering CAH + À présent on va afficher l'évolution de l'indice de Calinski-Harabasz en fonction du nombre de classes utilisées pour découper le dendogramme. -```{r, fig.width=9, fig.cap="Visualisation du critère de Calinski-Harabasz en fonction du nombre de classes demandées pour le clustering"} + +```{r, fig.width=5, fig.cap="Visualisation du critère de Calinski-Harabasz en fonction du nombre de classes demandées pour le clustering"} set.seed(1234) dx<-dist(donnees_transposees) @@ -394,7 +376,7 @@ ggplot(daux,aes(x=NbClust,y=CH))+ ``` On choisit alors de prendre 2 classes par observation du maximum du graphe. -```{r, fig.width=9, fig.cap="Dendogramme du clustering de l'ACP des variables Tt en tant qu'individus, obtenu par méthode CAH"} +```{r, fig.width=5, fig.cap="Dendogramme du clustering de l'ACP des variables Tt en tant qu'individus, obtenu par méthode CAH"} set.seed(1234) ClustCH<-cutree(hward,k=2) fviz_dend(hward,k=2,show_labels=FALSE)+ggtitle("Dendogramme du clustering de l'ACP des variables Tt en tant qu'individus, obtenu par méthode CAH") @@ -409,7 +391,7 @@ A 2 classes nous obtenons une classification qui ne change pas entre chaque mét La classification obtenue est en accord avec les observations faites lors de l'ACP, on y retrouve plus ou moins les mêmes groupements : celui majoritarement composé des relevés de T1 avec une majorité de gènes sans changement d'expression relative et celui composé des relevés de T2 et T3. -```{r} +```{r,fig.width=5} # kmeans et CAH clust1f = paste("CLkm-",res_kmeans$cluster, sep="") clust2f = paste("CLCAH-", cutree(hward,2), sep="") @@ -422,7 +404,8 @@ chordDiagram(table(clust1f,clust2f)) ## Generation de dataExpMoy Nous construisons le jeu de données DataExpMoy contenant la moyenne des expressions sur les réplicats de chaque gène, pour chaque traitement et chaque heure. DataExpMoy est donc une matrice de taille 542× 18. -```{r} + +```{r,echo=FALSE,results = FALSE,message=FALSE,warning=FALSE,fig.show='hide'} # Liste des traitements, heures et réplicats traitements <- c("T1", "T2", "T3") heures <- c("1H", "2H", "3H", "4H", "5H", "6H") @@ -456,16 +439,16 @@ head(DataExpMoy) ## ACP de DataExpMoy A partir d'ici, nous avons centré et réduit les données car cela donnait des résultats sensiblement plus exploitables au niveau des indicateurs pour le clustering. -```{r, fig.width=7} +```{r, fig.width=5} # Effectuer l'ACP -res_pca2 <- PCA(DataExpMoy, scale.unit = TRUE,quali.sup = c(19:21), graph = FALSE) +res_pca2 <- PCA(DataExpMoy, scale.unit = TRUE, graph = FALSE) # Création des graphiques plot1 <- fviz_eig(res_pca2, title = "Participation de chaque valeur propre à l'inertie totale des données") plot1 ``` On voit qu'on dépasse 80% de l'inertie totale avec les deux premières valeurs propres, on prend donc les vecteurs propres associés à ces deux valeurs propres comme composantes principales de notre ACP. -```{r, fig.width=10} +```{r, fig.width=7} plot2 <- fviz_pca_ind(res_pca2, label = "point", title = "Projection des individus sur un plan factoriel") plot3 <- fviz_pca_var(res_pca2, axes = c(1, 2), label = "all", title = "Corrélations des variables avec les composantes principales") @@ -486,7 +469,7 @@ Comme T3 est une combinaison des traitements T1 et T2, il semble structurer fort ### Ajout des variables qualitatives Nous allons maintenant afficher les points en dans les dimensions de l'ACP, colorés en fonction des modalités des 3 variables qualitatives ExpT1, ExpT2 et ExpT3. Cela peut nous permettre d'affiner notre interprétation des résultats de l'ACP. -```{r, fig.height=8} +```{r, fig.height=7} p11 = fviz_pca_ind(res_pca2,habillage=T$ExpT1,geom=c("point")) p12 = fviz_pca_ind(res_pca2,habillage=T$ExpT2,geom=c("point")) p13 = fviz_pca_ind(res_pca2,habillage=T$ExpT3,geom=c("point")) @@ -505,7 +488,7 @@ On confirme donc bien notre analyse descriptive préliminaire, et nos suppositio ## Clustering L'objectif de ce clustering est de regrouper des individus (ici, des gènes) en groupes homogènes selon leurs similarités. -```{r,fig.cap="Visualisation de l'inertie intra-classe et Silouhette en fonction du nombre de classes demandées pour le clustering"} +```{r,fig.cap="Visualisation de l'inertie intra-classe et Silouhette en fonction du nombre de classes demandées pour le clustering",fig.width=5} #centrage et réduction des données set.seed(1234) @@ -546,7 +529,7 @@ En lisant le graphe de l'inertie intra-classe, on observe le coude aux alentours -```{r,fig.cap="Visualisation des clusters générés par la méthode kmeans dnas le plan factoriel 1,2"} +```{r,fig.cap="Visualisation des clusters générés par la méthode kmeans dnas le plan factoriel 1,2",fig.width=5} set.seed(1234) #graphes des clusters res_kmeans_2 = kmeans(s_2,3) @@ -559,7 +542,7 @@ fviz_cluster(res_kmeans_2,data=s_2, -```{r, fig.width=9, fig.cap="Dendogramme du clustering de l'ACP, obtenu par méthode CAH"} +```{r, fig.width=9, fig.cap="Dendogramme du clustering de l'ACP, obtenu par méthode CAH",fig.width=5} dx=dist(s_2) hward=hclust(dx,method = "ward.D2") @@ -638,7 +621,6 @@ MatriceExp = T[,c(37,38,39)] rownames(MatriceExp) = rownames(T) colnames(MatriceExp) = c("ExpT1","ExpT2","ExpT3") MatriceExp = as.data.frame(MatriceExp) -head(MatriceExp) ``` @@ -649,7 +631,7 @@ clkmodes=kmodes(MatriceExp,3,iter.max=100,weight=FALSE) clusplot(MatriceExp, clkmodes$cluster, color=TRUE, shade=TRUE, labels=0, lines=0) ``` ### K-means sur ACM -```{r,fig.cap=""} +```{r,echo=FALSE,results = FALSE,message=FALSE,warning=FALSE,fig.show='hide'} afcm=MCA(MatriceExp,graph = TRUE) coeff=afcm$ind$coord clkmeans=kmeans(coeff,3) @@ -685,14 +667,14 @@ res_pam = pam(ds, k = 10) # Étape 4 : Visualiser les clusters -fviz_cluster( - res_pam, - data = MatriceExp, - ellipse.type = "norm", # Ajouter une ellipse normale autour des clusters - labelsize = 8, # Taille des étiquettes - geom = c("point") # Utiliser des points pour visualiser les données -) + - ggtitle("Visualisation des clusters générés par la méthode PAM") +#fviz_cluster( +# res_pam, +# data = MatriceExp, +# ellipse.type = "norm", # Ajouter une ellipse normale autour des clusters +# labelsize = 8, # Taille des étiquettes +# geom = c("point") # Utiliser des points pour visualiser les données +#) + +# ggtitle("Visualisation des clusters générés par la méthode PAM") ``` diff --git a/Projet.log b/Projet.log deleted file mode 100644 index e0eceb3..0000000 --- a/Projet.log +++ /dev/null @@ -1,244 +0,0 @@ -This is pdfTeX, Version 3.141592653-2.6-1.40.25 (TeX Live 2023/Debian) (preloaded format=pdflatex 2024.12.28) 1 JAN 2025 15:56 -entering extended mode - restricted \write18 enabled. - %&-line parsing enabled. -**Projet.tex -(./Projet.tex -LaTeX2e <2023-11-01> patch level 1 -L3 programming layer <2024-01-22> -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/article.cls -Document Class: article 2023/05/17 v1.4n Standard LaTeX document class -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/size10.clo -File: size10.clo 2023/05/17 v1.4n Standard LaTeX file (size option) -) -\c@part=\count187 -\c@section=\count188 -\c@subsection=\count189 -\c@subsubsection=\count190 -\c@paragraph=\count191 -\c@subparagraph=\count192 -\c@figure=\count193 -\c@table=\count194 -\abovecaptionskip=\skip48 -\belowcaptionskip=\skip49 -\bibindent=\dimen140 -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsmath.sty -Package: amsmath 2023/05/13 v2.17o AMS math features -\@mathmargin=\skip50 -For additional information on amsmath, use the `?' option. -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amstext.sty -Package: amstext 2021/08/26 v2.01 AMS text -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsgen.sty -File: amsgen.sty 1999/11/30 v2.0 generic functions -\@emptytoks=\toks17 -\ex@=\dimen141 -)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsbsy.sty -Package: amsbsy 1999/11/29 v1.2d Bold Symbols -\pmbraise@=\dimen142 -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsopn.sty -Package: amsopn 2022/04/08 v2.04 operator names -) -\inf@bad=\count195 -LaTeX Info: Redefining \frac on input line 234. -\uproot@=\count196 -\leftroot@=\count197 -LaTeX Info: Redefining \overline on input line 399. -LaTeX Info: Redefining \colon on input line 410. -\classnum@=\count198 -\DOTSCASE@=\count199 -LaTeX Info: Redefining \ldots on input line 496. -LaTeX Info: Redefining \dots on input line 499. -LaTeX Info: Redefining \cdots on input line 620. -\Mathstrutbox@=\box51 -\strutbox@=\box52 -LaTeX Info: Redefining \big on input line 722. -LaTeX Info: Redefining \Big on input line 723. -LaTeX Info: Redefining \bigg on input line 724. -LaTeX Info: Redefining \Bigg on input line 725. -\big@size=\dimen143 -LaTeX Font Info: Redeclaring font encoding OML on input line 743. -LaTeX Font Info: Redeclaring font encoding OMS on input line 744. -\macc@depth=\count266 -LaTeX Info: Redefining \bmod on input line 905. -LaTeX Info: Redefining \pmod on input line 910. -LaTeX Info: Redefining \smash on input line 940. -LaTeX Info: Redefining \relbar on input line 970. -LaTeX Info: Redefining \Relbar on input line 971. -\c@MaxMatrixCols=\count267 -\dotsspace@=\muskip16 -\c@parentequation=\count268 -\dspbrk@lvl=\count269 -\tag@help=\toks18 -\row@=\count270 -\column@=\count271 -\maxfields@=\count272 -\andhelp@=\toks19 -\eqnshift@=\dimen144 -\alignsep@=\dimen145 -\tagshift@=\dimen146 -\tagwidth@=\dimen147 -\totwidth@=\dimen148 -\lineht@=\dimen149 -\@envbody=\toks20 -\multlinegap=\skip51 -\multlinetaggap=\skip52 -\mathdisplay@stack=\toks21 -LaTeX Info: Redefining \[ on input line 2953. -LaTeX Info: Redefining \] on input line 2954. -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty -Package: amssymb 2013/01/14 v3.01 AMS font symbols -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty -Package: amsfonts 2013/01/14 v3.01 Basic AMSFonts support -\symAMSa=\mathgroup4 -\symAMSb=\mathgroup5 -LaTeX Font Info: Redeclaring math symbol \hbar on input line 98. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold' -(Font) U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 106. -)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/iftex/iftex.sty -Package: iftex 2022/02/03 v1.0f TeX engine tests -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/fontenc.sty -Package: fontenc 2021/04/29 v2.0v Standard LaTeX package -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/inputenc.sty -Package: inputenc 2021/02/14 v1.3d Input encoding file -\inpenc@prehook=\toks22 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on input line 27. -LaTeX Font Info: Overwriting symbol font `symbols' in version `bold' -(Font) OMS/cmsy/b/n --> OMS/lmsy/b/n on input line 28. -LaTeX Font Info: Overwriting symbol font `largesymbols' in version `bold' -(Font) OMX/cmex/m/n --> OMX/lmex/m/n on input line 29. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `normal' -(Font) OT1/cmr/bx/n --> OT1/lmr/bx/n on input line 31. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathsf' in version `normal' -(Font) OT1/cmss/m/n --> OT1/lmss/m/n on input line 32. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathit' in version `normal' -(Font) OT1/cmr/m/it --> OT1/lmr/m/it on input line 33. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathtt' in version `normal' -(Font) OT1/cmtt/m/n --> OT1/lmtt/m/n on input line 34. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `bold' -(Font) OT1/cmr/bx/n --> OT1/lmr/bx/n on input line 35. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathsf' in version `bold' -(Font) OT1/cmss/bx/n --> OT1/lmss/bx/n on input line 36. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathit' in version `bold' -(Font) OT1/cmr/bx/it --> OT1/lmr/bx/it on input line 37. -LaTeX Font Info: Overwriting math alphabet `\mathtt' in version `bold' -(Font) OT1/cmtt/m/n --> OT1/lmtt/m/n on input line 38. -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/microtype/microtype.sty -Package: microtype 2023/03/13 v3.1a Micro-typographical refinements (RS) -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/keyval.sty -Package: keyval 2022/05/29 v1.15 key=value parser (DPC) -\KV@toks@=\toks24 -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/etoolbox/etoolbox.sty -Package: etoolbox 2020/10/05 v2.5k e-TeX tools for LaTeX (JAW) -\etb@tempcnta=\count273 -) -\MT@toks=\toks25 -\MT@tempbox=\box53 -\MT@count=\count274 -LaTeX Info: Redefining \noprotrusionifhmode on input line 1059. -LaTeX Info: Redefining \leftprotrusion on input line 1060. -\MT@prot@toks=\toks26 -LaTeX Info: Redefining \rightprotrusion on input line 1078. -LaTeX Info: Redefining \textls on input line 1368. -\MT@outer@kern=\dimen150 -LaTeX Info: Redefining \textmicrotypecontext on input line 1988. -\MT@listname@count=\count275 -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/microtype/microtype-pdftex.def -File: microtype-pdftex.def 2023/03/13 v3.1a Definitions specific to pdftex (RS) - -LaTeX Info: Redefining \lsstyle on input line 902. -LaTeX Info: Redefining \lslig on input line 902. -\MT@outer@space=\skip53 -) -Package microtype Info: Loading configuration file microtype.cfg. -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/microtype/microtype.cfg -File: microtype.cfg 2023/03/13 v3.1a microtype main configuration file (RS) -)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/parskip/parskip.sty -Package: parskip 2021-03-14 v2.0h non-zero parskip adjustments -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/kvoptions/kvoptions.sty -Package: kvoptions 2022-06-15 v3.15 Key value format for package options (HO) -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/ltxcmds/ltxcmds.sty -Package: ltxcmds 2023-12-04 v1.26 LaTeX kernel commands for general use (HO) -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/kvsetkeys/kvsetkeys.sty -Package: kvsetkeys 2022-10-05 v1.19 Key value parser (HO) -))) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/xcolor/xcolor.sty -Package: xcolor 2023/11/15 v3.01 LaTeX color extensions (UK) -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics-cfg/color.cfg -File: color.cfg 2016/01/02 v1.6 sample color configuration -) -Package xcolor Info: Driver file: pdftex.def on input line 274. -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics-def/pdftex.def -File: pdftex.def 2022/09/22 v1.2b Graphics/color driver for pdftex -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/mathcolor.ltx) -Package xcolor Info: Model `cmy' substituted by `cmy0' on input line 1350. -Package xcolor Info: Model `hsb' substituted by `rgb' on input line 1354. -Package xcolor Info: Model `RGB' extended on input line 1366. -Package xcolor Info: Model `HTML' substituted by `rgb' on input line 1368. -Package xcolor Info: Model `Hsb' substituted by `hsb' on input line 1369. -Package xcolor Info: Model `tHsb' substituted by `hsb' on input line 1370. -Package xcolor Info: Model `HSB' substituted by `hsb' on input line 1371. -Package xcolor Info: Model `Gray' substituted by `gray' on input line 1372. -Package xcolor Info: Model `wave' substituted by `hsb' on input line 1373. -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/geometry/geometry.sty -Package: geometry 2020/01/02 v5.9 Page Geometry -(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/iftex/ifvtex.sty -Package: ifvtex 2019/10/25 v1.7 ifvtex legacy package. Use iftex instead. -) -\Gm@cnth=\count276 -\Gm@cntv=\count277 -\c@Gm@tempcnt=\count278 -\Gm@bindingoffset=\dimen151 -\Gm@wd@mp=\dimen152 -\Gm@odd@mp=\dimen153 -\Gm@even@mp=\dimen154 -\Gm@layoutwidth=\dimen155 -\Gm@layoutheight=\dimen156 -\Gm@layouthoffset=\dimen157 -\Gm@layoutvoffset=\dimen158 -\Gm@dimlist=\toks27 -) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/fancyvrb/fancyvrb.sty -Package: fancyvrb 2024/01/20 4.5c verbatim text (tvz,hv) -\FV@CodeLineNo=\count279 -\FV@InFile=\read2 -\FV@TabBox=\box54 -\c@FancyVerbLine=\count280 -\FV@StepNumber=\count281 -\FV@OutFile=\write3 -) - -! LaTeX Error: File `framed.sty' not found. - -Type X to quit or to proceed, -or enter new name. (Default extension: sty) - -Enter file name: -! Emergency stop. - - -l.47 \definecolor - {shadecolor}{RGB}{248,248,248}^^M -Here is how much of TeX's memory you used: - 5738 strings out of 476182 - 84709 string characters out of 5795594 - 1922975 words of memory out of 5000000 - 27732 multiletter control sequences out of 15000+600000 - 558832 words of font info for 37 fonts, out of 8000000 for 9000 - 14 hyphenation exceptions out of 8191 - 56i,0n,65p,511b,102s stack positions out of 10000i,1000n,20000p,200000b,200000s - -! ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced! diff --git a/Projet.pdf b/Projet.pdf new file mode 100644 index 0000000..2cc0588 Binary files /dev/null and b/Projet.pdf differ diff --git a/Projet.tex b/Projet.tex deleted file mode 100644 index 91aedcb..0000000 --- a/Projet.tex +++ /dev/null @@ -1,1489 +0,0 @@ -% Options for packages loaded elsewhere -\PassOptionsToPackage{unicode}{hyperref} -\PassOptionsToPackage{hyphens}{url} -% -\documentclass[ -]{article} -\usepackage{amsmath,amssymb} -\usepackage{iftex} -\ifPDFTeX - 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\setlength{\itemsep}{0pt}\setlength{\parskip}{0pt}} -\setcounter{secnumdepth}{-\maxdimen} % remove section numbering -\ifLuaTeX - \usepackage{selnolig} % disable illegal ligatures -\fi -\usepackage{bookmark} -\IfFileExists{xurl.sty}{\usepackage{xurl}}{} % add URL line breaks if available -\urlstyle{same} -\hypersetup{ - pdftitle={Projet}, - hidelinks, - pdfcreator={LaTeX via pandoc}} - -\title{Projet} -\author{} -\date{\vspace{-2.5em}2024-12-04} - -\begin{document} -\maketitle - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{T }\OtherTok{=} \FunctionTok{read.table}\NormalTok{(}\StringTok{"DataProjet3MIC{-}2425.txt"}\NormalTok{,}\AttributeTok{header=}\ConstantTok{TRUE}\NormalTok{,}\AttributeTok{sep=}\StringTok{";"}\NormalTok{)} -\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1 }\OtherTok{=} \FunctionTok{as.factor}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1)} -\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2 }\OtherTok{=} \FunctionTok{as.factor}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2)} -\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3 }\OtherTok{=} \FunctionTok{as.factor}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\CommentTok{\#centrer T} -\FunctionTok{head}\NormalTok{(T)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - 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-\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{summary}\NormalTok{(T)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## T1_1H_R1 T1_2H_R1 T1_3H_R1 T1_4H_R1 -## Min. :-3.58436 Min. :-4.3034 Min. :-2.26607 Min. :-2.56731 -## 1st Qu.:-0.22978 1st Qu.:-0.1404 1st Qu.:-0.28249 1st Qu.:-0.42895 -## Median :-0.03631 Median : 0.1420 Median :-0.05927 Median : 0.16867 -## Mean :-0.02951 Mean : 0.1767 Mean : 0.04103 Mean : 0.05281 -## 3rd Qu.: 0.12204 3rd Qu.: 0.3904 3rd Qu.: 0.15839 3rd Qu.: 0.44483 -## Max. : 5.06654 Max. : 7.2821 Max. : 6.61788 Max. : 6.87671 -## T1_5H_R1 T1_6H_R1 T2_1H_R1 T2_2H_R1 -## Min. :-5.5106 Min. :-2.9759 Min. :-4.30401 Min. :-4.5825 -## 1st Qu.:-0.4788 1st Qu.:-0.6124 1st Qu.:-0.43935 1st Qu.:-0.9932 -## Median :-0.1984 Median :-0.3724 Median : 0.13065 Median : 0.3289 -## Mean :-0.1585 Mean :-0.2416 Mean : 0.06039 Mean : 0.4714 -## 3rd Qu.: 0.2077 3rd Qu.: 0.2413 3rd Qu.: 0.46011 3rd Qu.: 1.9464 -## Max. : 5.8582 Max. : 4.1009 Max. : 8.66345 Max. : 8.7483 -## T2_3H_R1 T2_4H_R1 T2_5H_R1 T2_6H_R1 -## Min. :-6.6293 Min. :-5.813548 Min. :-5.8017 Min. :-5.6784 -## 1st Qu.:-2.0451 1st Qu.:-2.406108 1st Qu.:-2.4172 1st Qu.:-2.5552 -## Median : 0.3733 Median : 0.008421 Median : 0.7556 Median : 1.8857 -## Mean : 0.3805 Mean : 0.197409 Mean : 0.1521 Mean : 0.2313 -## 3rd Qu.: 2.7644 3rd Qu.: 2.699218 3rd Qu.: 2.5236 3rd Qu.: 2.7235 -## Max. : 8.9881 Max. : 7.503939 Max. : 7.0606 Max. : 8.8815 -## T3_1H_R1 T3_2H_R1 T3_3H_R1 T3_4H_R1 -## Min. :-2.9561 Min. :-4.9884 Min. :-5.8280 Min. :-6.0789 -## 1st Qu.:-0.4409 1st Qu.:-1.1066 1st Qu.:-1.5925 1st Qu.:-2.4930 -## Median : 0.1573 Median : 0.6914 Median : 0.9585 Median : 0.9982 -## Mean : 0.1714 Mean : 0.5878 Mean : 0.6387 Mean : 0.2736 -## 3rd Qu.: 0.6673 3rd Qu.: 2.3016 3rd Qu.: 2.7533 3rd Qu.: 2.7854 -## Max. : 8.6849 Max. : 8.6560 Max. : 8.0950 Max. : 7.0103 -## T3_5H_R1 T3_6H_R1 T1_1H_R2 T1_2H_R2 -## Min. :-6.910 Min. :-4.7625 Min. :-2.11580 Min. :-2.75004 -## 1st Qu.:-2.487 1st Qu.:-2.0911 1st Qu.:-0.28225 1st Qu.:-0.27271 -## Median : 1.156 Median : 1.8690 Median :-0.02432 Median :-0.04075 -## Mean : 0.258 Mean : 0.3913 Mean :-0.04445 Mean : 0.10717 -## 3rd Qu.: 2.709 3rd Qu.: 2.4879 3rd Qu.: 0.15670 3rd Qu.: 0.25383 -## Max. : 6.529 Max. : 8.6398 Max. : 4.70943 Max. : 7.03638 -## T1_3H_R2 T1_4H_R2 T1_5H_R2 T1_6H_R2 -## Min. :-3.2539 Min. :-3.50770 Min. :-3.3307 Min. :-2.4863 -## 1st Qu.:-0.1229 1st Qu.:-0.51001 1st Qu.:-0.6437 1st Qu.:-0.9686 -## Median : 0.2674 Median :-0.27091 Median :-0.3845 Median :-0.7215 -## Mean : 0.3033 Mean :-0.02457 Mean :-0.2410 Mean :-0.3082 -## 3rd Qu.: 0.5068 3rd Qu.: 0.27652 3rd Qu.: 0.1442 3rd Qu.: 0.5814 -## Max. : 7.1995 Max. : 6.52284 Max. : 5.2469 Max. : 3.9054 -## T2_1H_R2 T2_2H_R2 T2_3H_R2 T2_4H_R2 -## Min. :-2.38587 Min. :-5.8266 Min. :-4.6135 Min. :-6.4553 -## 1st Qu.:-0.48477 1st Qu.:-1.2309 1st Qu.:-1.4511 1st Qu.:-2.3416 -## Median : 0.03105 Median : 0.6644 Median : 0.5351 Median : 0.5323 -## Mean : 0.08932 Mean : 0.4684 Mean : 0.5999 Mean : 0.1279 -## 3rd Qu.: 0.61495 3rd Qu.: 2.1298 3rd Qu.: 2.5954 3rd Qu.: 2.4618 -## Max. : 8.59820 Max. : 8.8928 Max. : 8.4956 Max. : 8.0010 -## T2_5H_R2 T2_6H_R2 T3_1H_R2 T3_2H_R2 -## Min. :-6.1685 Min. :-6.2234 Min. :-3.22436 Min. :-6.0944 -## 1st Qu.:-2.4058 1st Qu.:-2.6251 1st Qu.:-0.61705 1st Qu.:-1.3567 -## Median : 1.0892 Median : 2.0014 Median : 0.07589 Median : 0.7670 -## Mean : 0.1411 Mean : 0.1572 Mean : 0.11618 Mean : 0.5725 -## 3rd Qu.: 2.5033 3rd Qu.: 2.5375 3rd Qu.: 0.76673 3rd Qu.: 2.3150 -## Max. : 7.4521 Max. : 8.7777 Max. : 8.77729 Max. : 8.6354 -## T3_3H_R2 T3_4H_R2 T3_5H_R2 T3_6H_R2 -## Min. :-6.0135 Min. :-6.0345 Min. :-6.8294 Min. :-7.24672 -## 1st Qu.:-1.8079 1st Qu.:-2.2277 1st Qu.:-2.5646 1st Qu.:-2.80051 -## Median : 1.1183 Median : 1.1769 Median : 1.6539 Median : 1.92082 -## Mean : 0.5828 Mean : 0.3157 Mean : 0.1338 Mean : 0.05484 -## 3rd Qu.: 2.8892 3rd Qu.: 2.6455 3rd Qu.: 2.5664 3rd Qu.: 2.46450 -## Max. : 8.2637 Max. : 7.4777 Max. : 6.9137 Max. : 8.69285 -## ExpT1 ExpT2 ExpT3 -## Non :441 Non : 11 Non : 7 -## Sous: 57 Sous:247 Sous:247 -## Sur : 44 Sur :284 Sur :288 -## -## -## -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{str}\NormalTok{(T)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## 'data.frame': 542 obs. of 39 variables: -## $ T1_1H_R1: num -0.205 -0.62 0.309 0.192 0.108 ... -## $ T1_2H_R1: num -0.689 -0.856 0.817 0.148 0.288 ... -## $ T1_3H_R1: num -0.1811 -0.0211 -0.5615 0.2424 -0.1975 ... -## $ T1_4H_R1: num -0.06657 -0.14456 0.18148 0.56182 -0.00155 ... -## $ T1_5H_R1: num 0.5217 0.4934 -0.337 0.0453 -0.2274 ... -## $ T1_6H_R1: num 0.448 0.454 -0.373 -0.635 -0.571 ... -## $ T2_1H_R1: num -0.449 -0.572 -0.209 0.526 0.34 ... -## $ T2_2H_R1: num -1.5144 -1.4755 -1.29 1.4315 -0.0468 ... -## $ T2_3H_R1: num -3.815 -3.079 -2.633 1.842 -0.327 ... -## $ T2_4H_R1: num -2.5 -2.22 -2.4 1.83 -0.47 ... -## $ T2_5H_R1: num -2.9144 -2.2659 -2.4397 1.9242 0.0153 ... -## $ T2_6H_R1: num -3.57 -3.36 -2.03 2.19 2.17 ... -## $ T3_1H_R1: num -0.6645 -0.5427 -0.2709 0.4127 -0.0402 ... -## $ T3_2H_R1: num -2.522 -2.281 -1.176 1.688 0.179 ... -## $ T3_3H_R1: num -1.797 -1.597 -3.018 1.812 -0.192 ... -## $ T3_4H_R1: num -2.967 -2.635 -2.953 1.868 -0.553 ... -## $ T3_5H_R1: num -2.99182 -2.42474 -2.96356 2.14249 -0.00553 ... -## $ T3_6H_R1: num -2.84 -2.54 -2.49 2.1 2.09 ... -## $ T1_1H_R2: num -0.25 -0.527 0.303 -0.234 -0.33 ... -## $ T1_2H_R2: num -0.2376 -0.3474 0.5477 -0.2899 0.0044 ... -## $ T1_3H_R2: num -0.741 -0.64 0.589 0.725 0.171 ... -## $ T1_4H_R2: num 0.504 0.274 -0.908 -0.488 -0.53 ... -## $ T1_5H_R2: num 0.355 0.347 -1.428 -0.289 -0.481 ... -## $ T1_6H_R2: num 0.698 0.663 -0.699 -0.649 -0.714 ... -## $ T2_1H_R2: num -0.671 -0.67 0.163 0.272 -0.373 ... -## $ T2_2H_R2: num -2.489 -2.416 -2.307 1.47 -0.109 ... -## $ T2_3H_R2: num -2.4 -2.21 -2.32 1.83 0.13 ... -## $ T2_4H_R2: num -2.552 -2.198 -3.294 1.618 -0.453 ... -## $ T2_5H_R2: num -2.474 -2.238 -2.967 2.191 0.888 ... -## $ T2_6H_R2: num -3.14 -2.47 -3.18 2.19 2.18 ... -## $ T3_1H_R2: num -0.62 -0.842 -0.195 0.17 -0.446 ... -## $ T3_2H_R2: num -2.7064 -2.4478 -2.1068 1.5124 0.0384 ... -## $ T3_3H_R2: num -2.828 -2.552 -2.624 2.051 -0.111 ... -## $ T3_4H_R2: num -2.849 -2.484 -3.024 1.559 -0.222 ... -## $ T3_5H_R2: num -2.94 -2.46 -2.81 2.32 1.19 ... -## $ T3_6H_R2: num -3.39 -2.97 -2.7 2.16 1.95 ... -## $ ExpT1 : Factor w/ 3 levels "Non","Sous","Sur": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... -## $ ExpT2 : Factor w/ 3 levels "Non","Sous","Sur": 2 2 2 3 3 2 3 3 2 2 ... -## $ ExpT3 : Factor w/ 3 levels "Non","Sous","Sur": 2 2 2 3 3 2 3 3 2 2 ... -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{levels}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] "Non" "Sous" "Sur" -\end{verbatim} - -\subsubsection{Contenu du jeu de données -:}\label{contenu-du-jeu-de-donnuxe9es} - -\begin{itemize} -\item - 3 variables qualitatives nominales représentant l'expression du gêne - \[g\] dont les modalités sont \[\{"sur","sous","non"\}\]. chaque - variable correspond respectivement à la différence d'expression du - gêne mesurée à la 6èeme heure lors du traitement - \[T \in \{T1,T2,T3\}\] -\item - \[3*6 + 3*6 = 36\] variables quantitatives continues représentant les - effets des traitements sur l'expression des gênes T1 T2 et T3 à - 1h,2h,3h,4h,5h,6h après l'administration pour les replicats R1 et R2, - par rapport à leur expression à T=0 ( sans traitement). -\item - Ce jeu de données contient des relevés sur 542 individus, ici des - gênes. -\end{itemize} - -\subsection{Analyse unidimentionnelle -:}\label{analyse-unidimentionnelle} - -\subsubsection{Expression des gênes lors du traitement -T1}\label{expression-des-guxeanes-lors-du-traitement-t1} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{g1}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)} -\NormalTok{g2}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x =}\NormalTok{ T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1)) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{(}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y =}\NormalTok{ (..count..)}\SpecialCharTok{/}\FunctionTok{sum}\NormalTok{(..count..)))}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{""}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Frequences"}\NormalTok{)} - -\NormalTok{df }\OtherTok{\textless{}{-}} \FunctionTok{data.frame}\NormalTok{(}\AttributeTok{group =} \FunctionTok{levels}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1),} - \AttributeTok{value =} \FunctionTok{as.vector}\NormalTok{(}\FunctionTok{table}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{/}\FunctionTok{nrow}\NormalTok{(T))} -\NormalTok{g3}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(df, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\StringTok{""}\NormalTok{, }\AttributeTok{y=}\NormalTok{value, }\AttributeTok{fill=}\NormalTok{group))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{(}\AttributeTok{width =} \DecValTok{1}\NormalTok{, }\AttributeTok{stat =} \StringTok{"identity"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{coord\_polar}\NormalTok{(}\StringTok{"y"}\NormalTok{, }\AttributeTok{start=}\DecValTok{0}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{legend.position=}\StringTok{"bottom"}\NormalTok{)} -\FunctionTok{grid.arrange}\NormalTok{(g3,g1,g2,}\AttributeTok{ncol=}\DecValTok{3}\NormalTok{,}\AttributeTok{top=}\FunctionTok{textGrob}\NormalTok{(}\StringTok{"Visualualisation des expressions relative des gènes lors du traitement T1"}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: The dot-dot notation (`..count..`) was deprecated in ggplot2 3.4.0. -## i Please use `after_stat(count)` instead. -## This warning is displayed once every 8 hours. -## Call `lifecycle::last_lifecycle_warnings()` to see where this warning was -## generated. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf} - -\subsubsection{Expression des gênes lors du traitement -T2}\label{expression-des-guxeanes-lors-du-traitement-t2} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{g1}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)} -\NormalTok{g2}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x =}\NormalTok{ T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2)) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{(}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y =}\NormalTok{ (..count..)}\SpecialCharTok{/}\FunctionTok{sum}\NormalTok{(..count..)))}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{""}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Frequences"}\NormalTok{)} - -\NormalTok{df }\OtherTok{\textless{}{-}} \FunctionTok{data.frame}\NormalTok{(}\AttributeTok{group =} \FunctionTok{levels}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2),} - \AttributeTok{value =} \FunctionTok{as.vector}\NormalTok{(}\FunctionTok{table}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{/}\FunctionTok{nrow}\NormalTok{(T))} -\NormalTok{g3}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(df, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\StringTok{""}\NormalTok{, }\AttributeTok{y=}\NormalTok{value, }\AttributeTok{fill=}\NormalTok{group))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{(}\AttributeTok{width =} \DecValTok{1}\NormalTok{, }\AttributeTok{stat =} \StringTok{"identity"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{coord\_polar}\NormalTok{(}\StringTok{"y"}\NormalTok{, }\AttributeTok{start=}\DecValTok{0}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{legend.position=}\StringTok{"bottom"}\NormalTok{)} -\FunctionTok{grid.arrange}\NormalTok{(g3,g1,g2,}\AttributeTok{ncol=}\DecValTok{3}\NormalTok{,}\AttributeTok{top=}\FunctionTok{textGrob}\NormalTok{(}\StringTok{"Visualualisation des expressions relative des gènes lors du traitement T2"}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -## Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf} - -\subsubsection{Expression des gênes lors du traitement -T3}\label{expression-des-guxeanes-lors-du-traitement-t3} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{g1}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)} -\NormalTok{g2}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x =}\NormalTok{ T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{(}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y =}\NormalTok{ (..count..)}\SpecialCharTok{/}\FunctionTok{sum}\NormalTok{(..count..)))}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{""}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Frequences"}\NormalTok{)} - -\NormalTok{df }\OtherTok{\textless{}{-}} \FunctionTok{data.frame}\NormalTok{(}\AttributeTok{group =} \FunctionTok{levels}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3),} - \AttributeTok{value =} \FunctionTok{as.vector}\NormalTok{(}\FunctionTok{table}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{/}\FunctionTok{nrow}\NormalTok{(T))} -\NormalTok{g3}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(df, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\StringTok{""}\NormalTok{, }\AttributeTok{y=}\NormalTok{value, }\AttributeTok{fill=}\NormalTok{group))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_bar}\NormalTok{(}\AttributeTok{width =} \DecValTok{1}\NormalTok{, }\AttributeTok{stat =} \StringTok{"identity"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{coord\_polar}\NormalTok{(}\StringTok{"y"}\NormalTok{, }\AttributeTok{start=}\DecValTok{0}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{legend.position=}\StringTok{"bottom"}\NormalTok{)} -\FunctionTok{grid.arrange}\NormalTok{(g3,g1,g2,}\AttributeTok{ncol=}\DecValTok{3}\NormalTok{,}\AttributeTok{top=}\FunctionTok{textGrob}\NormalTok{(}\StringTok{"Visualualisation des expressions relative des gènes lors du traitement T3"}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -## Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf} - -\subsubsection{Analyse de de ces 3 -variables}\label{analyse-de-de-ces-3-variables} - -On remarque que les traitements T2 et T3 semblent avoir un effet assez -similaire sur l'expression des gênes relevée à la 6ème heure : Une -polarisation entre la sous expression et la sur expression qui se -partagent presque la totalité des relevés, avec un poids légèrement -superieur à 55\% pour la sur-expression au détriment de la -sous-expression. Cela a peut être un rapporrt avec le fait que T3 est -une combinaison des traitement T1 et T2. - -T1 quant à lui se démarque grandement par une large majorité (Un peu -plus de 80\%), de gêne n'ayant pas changé d'expression après 6h de -traitement. - -\subsubsection{Expression relative des gênes mesurées à intervalle -régulier}\label{expression-relative-des-guxeanes-mesuruxe9es-uxe0-intervalle-ruxe9gulier} - -\paragraph{Traitement T1}\label{traitement-t1} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\#apply(T[{-}c(37:39)],2,function(col)\{} - \CommentTok{\# which(T == col)} - \CommentTok{\#hist(col, main = paste("Histogram of", colnames(T)[which(T == col)[2]]),} - \CommentTok{\# xlab = "Values", col = "lightblue", border = "black")} - \CommentTok{\#\})} -\NormalTok{T\_long }\OtherTok{=} \FunctionTok{melt}\NormalTok{(T[}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{1}\NormalTok{,}\DecValTok{2}\NormalTok{,}\DecValTok{3}\NormalTok{,}\DecValTok{4}\NormalTok{,}\DecValTok{5}\NormalTok{,}\DecValTok{6}\NormalTok{,}\DecValTok{19}\NormalTok{,}\DecValTok{20}\NormalTok{,}\DecValTok{21}\NormalTok{,}\DecValTok{22}\NormalTok{,}\DecValTok{23}\NormalTok{,}\DecValTok{24}\NormalTok{)])} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## No id variables; using all as measure variables -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T\_long, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x =}\NormalTok{ value)) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_histogram}\NormalTok{(}\AttributeTok{binwidth =} \DecValTok{1}\NormalTok{, }\AttributeTok{fill =} \StringTok{"blue"}\NormalTok{, }\AttributeTok{color =} \StringTok{"black"}\NormalTok{, }\AttributeTok{alpha =} \FloatTok{0.7}\NormalTok{) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{facet\_wrap}\NormalTok{(}\SpecialCharTok{\textasciitilde{}}\NormalTok{variable,}\AttributeTok{scales =} \StringTok{"free"}\NormalTok{,}\AttributeTok{ncol=}\DecValTok{6}\NormalTok{) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{labs}\NormalTok{(}\AttributeTok{title =} \StringTok{"Histogrammes de l\textquotesingle{}expression relative des gènes aux différents relevés lors du traitement T1"}\NormalTok{, }\AttributeTok{x =} \StringTok{"Valeurs"}\NormalTok{, }\AttributeTok{y =} \StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-5-1.pdf} \#\#\# -Traitement T2 - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{T\_long }\OtherTok{=} \FunctionTok{melt}\NormalTok{(T[}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{7}\NormalTok{,}\DecValTok{8}\NormalTok{,}\DecValTok{9}\NormalTok{,}\DecValTok{10}\NormalTok{,}\DecValTok{11}\NormalTok{,}\DecValTok{12}\NormalTok{,}\DecValTok{25}\NormalTok{,}\DecValTok{26}\NormalTok{,}\DecValTok{27}\NormalTok{,}\DecValTok{28}\NormalTok{,}\DecValTok{29}\NormalTok{,}\DecValTok{30}\NormalTok{)])} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## No id variables; using all as measure variables -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T\_long, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x =}\NormalTok{ value)) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_histogram}\NormalTok{(}\AttributeTok{binwidth =} \DecValTok{1}\NormalTok{, }\AttributeTok{fill =} \StringTok{"blue"}\NormalTok{, }\AttributeTok{color =} \StringTok{"black"}\NormalTok{, }\AttributeTok{alpha =} \FloatTok{0.7}\NormalTok{) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{facet\_wrap}\NormalTok{(}\SpecialCharTok{\textasciitilde{}}\NormalTok{variable,}\AttributeTok{scales =} \StringTok{"free"}\NormalTok{,}\AttributeTok{ncol=}\DecValTok{6}\NormalTok{) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{labs}\NormalTok{(}\AttributeTok{title =} \StringTok{"Histogrammes de l\textquotesingle{}expression relative des gènes aux différents relevés lors du traitement T3"}\NormalTok{, }\AttributeTok{x =} \StringTok{"Valeurs"}\NormalTok{, }\AttributeTok{y =} \StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-6-1.pdf} \#\#\# -Traitement T3 - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{T\_long }\OtherTok{=} \FunctionTok{melt}\NormalTok{(T[}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{13}\NormalTok{,}\DecValTok{14}\NormalTok{,}\DecValTok{15}\NormalTok{,}\DecValTok{16}\NormalTok{,}\DecValTok{17}\NormalTok{,}\DecValTok{18}\NormalTok{,}\DecValTok{31}\NormalTok{,}\DecValTok{32}\NormalTok{,}\DecValTok{33}\NormalTok{,}\DecValTok{34}\NormalTok{,}\DecValTok{35}\NormalTok{,}\DecValTok{36}\NormalTok{)])} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## No id variables; using all as measure variables -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T\_long, }\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x =}\NormalTok{ value)) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_histogram}\NormalTok{(}\AttributeTok{binwidth =} \DecValTok{1}\NormalTok{, }\AttributeTok{fill =} \StringTok{"blue"}\NormalTok{, }\AttributeTok{color =} \StringTok{"black"}\NormalTok{, }\AttributeTok{alpha =} \FloatTok{0.7}\NormalTok{) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{facet\_wrap}\NormalTok{(}\SpecialCharTok{\textasciitilde{}}\NormalTok{variable,}\AttributeTok{scales =} \StringTok{"free"}\NormalTok{,}\AttributeTok{ncol=}\DecValTok{6}\NormalTok{) }\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{labs}\NormalTok{(}\AttributeTok{title =} \StringTok{"Histogrammes de l\textquotesingle{}expression relative des gènes aux différents relevés lors du traitement T3"}\NormalTok{, }\AttributeTok{x =} \StringTok{"Valeurs"}\NormalTok{, }\AttributeTok{y =} \StringTok{"Effectifs"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-7-1.pdf} - -Nous observons bien une concordance avec l'analyse des expressions des -gênes figure . EN effet, les histogrammes en rapport avec le traitement -1 sont très nettement regroupés vers 0, soit une expression relative des -gênes qui ne change peu. Les histogrammes pour les relevés des variables -en lien avec T2 et T3 sont tout aussi similaires aux résultats -précédents : La variance de l'expression relative des gênes est plus -élevée et on observe bien une polarisation -``sous-exprimé-''sur-exprimé'' sur les relevés à 6h. Attention, ici on -observe aussi que T2 et T3 n'ont pas leur effet caractéristique -directement : à 2h, la distribution de l'expression des genes semble -presque Gaussienne, et à 1h elle ne se distingue pas beaucoup du -traitement 1 avec un regroupement sur 0. - -\subsubsection{boxplots pour faire joli}\label{boxplots-pour-faire-joli} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(}\FunctionTok{melt}\NormalTok{(T[}\DecValTok{1}\SpecialCharTok{:}\DecValTok{18}\NormalTok{]),}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{variable,}\AttributeTok{y=}\NormalTok{value))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} \FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{axis.text.x =} \FunctionTok{element\_text}\NormalTok{(}\AttributeTok{angle=}\DecValTok{90}\NormalTok{, }\AttributeTok{vjust =} \FloatTok{0.5}\NormalTok{, }\AttributeTok{hjust =} \DecValTok{1}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## No id variables; using all as measure variables -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-8-1.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(}\FunctionTok{melt}\NormalTok{(T[}\DecValTok{19}\SpecialCharTok{:}\DecValTok{36}\NormalTok{]),}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{variable,}\AttributeTok{y=}\NormalTok{value))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{() }\SpecialCharTok{+} \FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{axis.text.x =} \FunctionTok{element\_text}\NormalTok{(}\AttributeTok{angle=}\DecValTok{90}\NormalTok{, }\AttributeTok{vjust =} \FloatTok{0.5}\NormalTok{, }\AttributeTok{hjust =} \DecValTok{1}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## No id variables; using all as measure variables -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-8-2.pdf} - -On voit que même sans réduire les données, chaque variable s'exprime -environ avec la même intensité. - -\subsection{Boxplots par paire de variables -(qualitative,quantitative)}\label{boxplots-par-paire-de-variables-qualitativequantitative} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\# traitement 1 corrélation avec l\textquotesingle{}expression des genes du T1 T2 et T3} - -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T1_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T1_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-1.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T1_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T1_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-2.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T1_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T1_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-3.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T1_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T1_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-4.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T1_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T1_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-5.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T1_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T1_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-6.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\# traitement 2 corrélation avec l\textquotesingle{}expression des genes du T1 T2 et T3} - -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T2_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T2_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-7.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T2_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T2_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-8.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T2_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T2_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-9.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T2_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T2_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-10.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T2_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T2_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-11.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T2_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T2_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-12.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\# traitement 2 corrélation avec l\textquotesingle{}expression des genes du T1 T2 et T3} -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T3\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T3_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T3_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-13.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T3\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT1` is discouraged. -## i Use `ExpT1` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T3_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T3_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-14.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T3\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T3_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T3_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-15.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T3\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT2` is discouraged. -## i Use `ExpT2` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T3_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T3_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-16.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T3\_6H\_R1,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T3_6H_R1` is discouraged. -## i Use `T3_6H_R1` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-17.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(T,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{y=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T3\_6H\_R2,}\AttributeTok{x=}\NormalTok{T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_boxplot}\NormalTok{()} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$ExpT3` is discouraged. -## i Use `ExpT3` instead. -\end{verbatim} - -\begin{verbatim} -## Warning: Use of `T$T3_6H_R2` is discouraged. -## i Use `T3_6H_R2` instead. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-9-18.pdf} -\#\#\#~Analyse des boxplots : - traitement 1 (réplicats 1 et 2) Les -genes sur-exprimés au T1 n'ont pas changé d'expression relativement à -l'absence de traitement durant le T2. Il est difficile d'observer une -catégorie de genes de T1 qui se soient sous exprimés dans T2. De même -pour la sur-expression dans T2. - -Ceux qui s'étaient sur-exprimés au T1 ont affiché aucun changement -semblent ne pas avoir changé d'expression au T3 ( relativement à -l'absence de traitement). - -Ceux qui n'avaient pas changés d'expression relative durant T1, se sont -sous exprimé ou sur exprimé. Il faut bien se rappeler que T1 ne cible -que très peu de genes donc ces observations sont cohérentes. - -\begin{itemize} -\tightlist -\item - traitement 2 On observe une légère tendance des genes s'étant - sous-exprimé avec T1 à se sous exprimer avec T2 mais le reste des - boxplots ne permettent pas de relever quoi que ce soit par rapport à - T2. -\end{itemize} - -En revanche, il est très clair que T2 et T3 ciblent les mêmes genes, -toutes les expressions relevées par T2 concordent aux modalités -qualitatives moyennes calculées sur T3. - -\subsection{Analyse bi-dimensionnelle}\label{analyse-bi-dimensionnelle} - -\subsubsection{matrice de covariance des variables -quantitatives}\label{matrice-de-covariance-des-variables-quantitatives} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{cr }\OtherTok{=} \FunctionTok{cor}\NormalTok{(T[}\SpecialCharTok{{-}}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{37}\SpecialCharTok{:}\DecValTok{39}\NormalTok{)])} -\FunctionTok{corrplot}\NormalTok{(cr,}\AttributeTok{method=}\StringTok{"ellipse"}\NormalTok{, }\AttributeTok{type=}\StringTok{"lower"}\NormalTok{, }\AttributeTok{bg =} \StringTok{"lightgrey"}\NormalTok{,}\AttributeTok{title =}\StringTok{"Visualisation de la matrice de covariance des variables quantitatives"}\NormalTok{ )} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-10-1.pdf} - -\subsubsection{Regression linéaire des variables 2 à 2 -???}\label{regression-linuxe9aire-des-variables-2-uxe0-2} - -\subsubsection{librairie biostatR}\label{librairie-biostatr} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{library}\NormalTok{(BioStatR)} -\CommentTok{\# Calculate eta² for Treatment 1} -\FunctionTok{print}\NormalTok{(}\StringTok{"T1 vs T2"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] "T1 vs T2" -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{eta2}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R1, T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] 0.1874682 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{eta2}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R2, T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] 0.1987298 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{print}\NormalTok{(}\StringTok{"T1 vs T3"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] "T1 vs T3" -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{eta2}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R1, T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] 0.1516016 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{eta2}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T1\_6H\_R2, T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] 0.1423772 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{print}\NormalTok{(}\StringTok{"T2 vs T3"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] "T2 vs T3" -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{eta2}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R1, T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] 0.9022439 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{eta2}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{T2\_6H\_R2, T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## [1] 0.8877959 -\end{verbatim} - -Le calcul du rapport de correlation eta² bien notre observation de la -grande similarité d'expression des genes traités avec T2 et T2 et la -dissimilarité des expression des genes lorsque la plante est traitée -avec T1 comparée à T2 et T3, chose normale au vu du peu de genes -affectés par T1. - -\subsubsection{table de contingence pour les variables quali 2 à 2, -mosaic plot -?}\label{table-de-contingence-pour-les-variables-quali-2-uxe0-2-mosaic-plot} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{table}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1,T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## -## Non Sous Sur -## Non 0 178 263 -## Sous 1 50 6 -## Sur 10 19 15 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{table}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT1,T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## -## Non Sous Sur -## Non 0 178 263 -## Sous 0 51 6 -## Sur 7 18 19 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{table}\NormalTok{(T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT2,T}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{ExpT3)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## -## Non Sous Sur -## Non 6 1 4 -## Sous 1 246 0 -## Sur 0 0 284 -\end{verbatim} - -Nouvelle confirmation de nos résultats de manière encore plus précise, -on observe que T1 ne change pas l'expression de la très grande majorité -des genes. Plus finement, on peut confirmer l'observation faite sur les -boxplots tendant à dire que le peu de genes s'étant sous exprimés avec -T1 se sont aussi sous-exprimés avec T2 et T3. - -La grande valeur des effectifs partiels sur la diagonale de la table de -contingence entre T2 et T3 montre bien la similarité de l'effet de ces -deux traitement sur l'expression des genes. - -\subsection{Menez une analyse en composantes principales où les Tt sH Rr -sont les individus décrits par les -gènes.}\label{menez-une-analyse-en-composantes-principales-ouxf9-les-tt-sh-rr-sont-les-individus-duxe9crits-par-les-guxe8nes.} - -Pour faire cela, nous devons transposer la matrice de données originale -qui elle décrivait les gènes (individus) en fonction des Tt sH Rr. Nous -décidons de faire directement une ACP sur un jeu de données centrées -réduites pour que chaque variable s'exprime avec la même force dans les -résultats et qu'ils soient lisibles. - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{donnees\_transposees }\OtherTok{=} \FunctionTok{t}\NormalTok{(T[}\SpecialCharTok{{-}}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{37}\SpecialCharTok{:}\DecValTok{39}\NormalTok{)])} -\NormalTok{res\_pca}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{PCA}\NormalTok{(donnees\_transposees,}\AttributeTok{scale.unit=}\ConstantTok{TRUE}\NormalTok{,}\AttributeTok{graph=}\ConstantTok{FALSE}\NormalTok{)} -\NormalTok{res\_pca}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{eig} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## eigenvalue percentage of variance cumulative percentage of variance -## comp 1 385.4885605 71.12335064 71.12335 -## comp 2 56.8398561 10.48705833 81.61041 -## comp 3 18.8058681 3.46971736 85.08013 -## comp 4 17.3534861 3.20175019 88.28188 -## comp 5 16.2400069 2.99631123 91.27819 -## comp 6 9.3466113 1.72446702 93.00265 -## comp 7 6.3208427 1.16620715 94.16886 -## comp 8 4.6888314 0.86509805 95.03396 -## comp 9 2.8880421 0.53284909 95.56681 -## comp 10 2.6663658 0.49194941 96.05876 -## comp 11 2.4741195 0.45647962 96.51524 -## comp 12 1.8835315 0.34751504 96.86275 -## comp 13 1.7438070 0.32173561 97.18449 -## comp 14 1.6614064 0.30653255 97.49102 -## comp 15 1.5634400 0.28845757 97.77948 -## comp 16 1.2936620 0.23868302 98.01816 -## comp 17 1.2002743 0.22145283 98.23961 -## comp 18 1.0809897 0.19944460 98.43906 -## comp 19 0.8153461 0.15043286 98.58949 -## comp 20 0.7943348 0.14655624 98.73605 -## comp 21 0.7596276 0.14015270 98.87620 -## comp 22 0.6964670 0.12849944 99.00470 -## comp 23 0.6303898 0.11630808 99.12101 -## comp 24 0.6030871 0.11127068 99.23228 -## comp 25 0.5412364 0.09985912 99.33214 -## comp 26 0.4619356 0.08522796 99.41737 -## comp 27 0.4395132 0.08109100 99.49846 -## comp 28 0.4332061 0.07992733 99.57838 -## comp 29 0.4110199 0.07583392 99.65422 -## comp 30 0.3506662 0.06469855 99.71892 -## comp 31 0.3429738 0.06327930 99.78220 -## comp 32 0.3356932 0.06193601 99.84413 -## comp 33 0.3238087 0.05974330 99.90388 -## comp 34 0.2870588 0.05296288 99.95684 -## comp 35 0.2339343 0.04316132 100.00000 -\end{verbatim} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{fviz\_eig}\NormalTok{(res\_pca,}\AttributeTok{title=}\StringTok{"Participation des chaque valeur propre de la matrice de correlation à l\textquotesingle{}intertie totale des données"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-13-1.pdf} Ce -graphique représente les valeurs propres de la matrice de corrélation du -jeu de données centré réduites. L'inertie totale des données étant la -somme des valeurs propres ( qui elles sont les inerties axiale associées -à l'axe de vecteur directeur un vecteur propre associé ), chaque valeur -propre est donc une fraction de l'inertie totale. On voit qu'on dépasse -80\% de l'inertie totale des points rien qu'avec les deux premieres -valeurs propres, on en prend donc deux vectueurs propres associés -respectivement à chacune de ces deux valeurs propres comme axes -principaux de l'analyse. - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{fviz\_pca\_ind}\NormalTok{(res\_pca,}\AttributeTok{label=}\StringTok{"all"}\NormalTok{,}\AttributeTok{title=}\StringTok{"Projection des individus sur un plan factoriel"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-14-1.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{fviz\_pca\_var}\NormalTok{(res\_pca,}\AttributeTok{axes=}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{1}\NormalTok{,}\DecValTok{2}\NormalTok{),}\AttributeTok{label=}\StringTok{"none"}\NormalTok{,}\AttributeTok{title=}\StringTok{"Corrélations des variables avec les composantes principales"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-14-2.pdf} -Contexte : les relevés aux heures sont décrits par les gènes ( les gènes -sont considérés comme les variables). - -\begin{itemize} -\tightlist -\item - les genes proches d'un axe sont très représentés par celui-ci -\item - les genes dont l'angle entre eux est petit sont corrélés entre eux -\end{itemize} - -\subsection{Interprétation globale du couple de -graphes}\label{interpruxe9tation-globale-du-couple-de-graphes} - -On voit que les genes se polarisent principalement sur l'axe 1 dans un -sens ou l'autre. Les flèches sont d'une longueur presque du rayon du -cercle, indiquant une participation très forte des genes dans la -variance expliquée par ces dimensions. Il n'y a pas de tendance -particulière sur la direction selon l'axe 2 des flèches : Dans chaque -``polarité'' de fleches selon l'axe 1, il y a des fleches dont la -direction est negative d'autres positive selon l'axe 2. Bien que l'on -dénote une quantité plus grande de gènes corrélés positiviement à la -dimension 2. - -Le traitement 1 est entièrement groupé sur des valeurs très negatives de -l'axe 1. On remarque dans ce groupement la présence des T3 et T4 à la -première heure de relevés d'expression des gènes. - -Pour le traitement 2 et 3, on les retrouves formant 2 groupements, 1 en -haut à droite du graphe contenant les relevés à 2 et 3h puis un -groupement s'étalant sur la droite du graphe du centre jusqu'en bas -contenant les relevés à partir de 4h. - -\subsection{ON EST SENSE VOIR UN TRUC IMPORTANT D'APRES LA PROF MAIS JE -VOIS -RIEN}\label{on-est-sense-voir-un-truc-important-dapres-la-prof-mais-je-vois-rien} - -\subsubsection{Les axes générés par l'ACP sont purement virtuels, mais -on peut y préter un sens plus ou moins défini selon les variables qui y -sont -corrélées}\label{les-axes-guxe9nuxe9ruxe9s-par-lacp-sont-purement-virtuels-mais-on-peut-y-pruxe9ter-un-sens-plus-ou-moins-duxe9fini-selon-les-variables-qui-y-sont-corruxe9luxe9es} - -axe 1: force du changement d'expression des gènes : si on -sur-exprime/sous-exprime de beaucoup ( genre 0=\textgreater5) ou pas, -polarisation ? - -axe 2 : vers le haut =\textgreater{} ça va changer d'expression bientot, -vers le bas =\textgreater{} ça se stabilise ( donc les genes pointant -vers le haut changent d'expression, et ceux vers le bas ont tendance à -rester plutot pareil ) - -\begin{quote} -On remarque que les traitements ne sont pas du tout décris de la même -manière selon les horaires, mais il y a une régularité d'apparition dans -chaque tranche horaire. -\end{quote} - -\subsubsection{hypothèses sur la signification : qu'est-ce qu'ils ont en -commun ces gènes qui pourrait décrire ces relevés aux différentes heures -et les différents -traitements}\label{hypothuxe8ses-sur-la-signification-quest-ce-quils-ont-en-commun-ces-guxe8nes-qui-pourrait-duxe9crire-ces-relevuxe9s-aux-diffuxe9rentes-heures-et-les-diffuxe9rents-traitements} - -En regardant le graphe des individus (résultats aux heures de relevés), -on a effectivement les heures groupées à des valeurs negatives de l'axe -1 correspondant aux relevés du traitement 1 qui, souvenons-nous toujours -des histogrammes, ne change l'expression relative que de très peu de -gènes. - -Pour l'interprétation du second axe, les gènes semblent y être -positivement et negativement corrélés quel que soit leur correlation -avec l'axe 1. En regardant les individus, on observe que plus l'heure -est tardive, plus ils tendent vers des valeurs negatives sur l'axe 2. De -plus, on observe que les points liés aux relevés du traitement 1 ne vont -pas énormément vers les valeurs positives. Il semble donc que l'axe 2 -soit indicateur des expressions des gènes sont susceptibles de changer. - -\subsubsection{afin de visualiser les corrélations des variables -intiales avec toutes les méta-variables (pas trs utile on a déjà le -cercle)}\label{afin-de-visualiser-les-corruxe9lations-des-variables-intiales-avec-toutes-les-muxe9ta-variables-pas-trs-utile-on-a-duxe9juxe0-le-cercle} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\# que 50 gènes sinon c\textquotesingle{}est le bordel} -\FunctionTok{corrplot}\NormalTok{(res\_pca}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{var}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{cor[}\DecValTok{1}\SpecialCharTok{:}\DecValTok{50}\NormalTok{,],}\AttributeTok{method=}\StringTok{"ellipse"}\NormalTok{, }\AttributeTok{type=}\StringTok{"lower"}\NormalTok{, }\AttributeTok{bg =} \StringTok{"lightgrey"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-15-1.pdf} - -MAIS C'EST INBUVABLE \#\#\# plus ou moins inutile ici de regarder -d'autres plans - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{fviz\_pca\_ind}\NormalTok{(res\_pca,}\AttributeTok{axes =} \FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{1}\NormalTok{,}\DecValTok{3}\NormalTok{),}\AttributeTok{geom=}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\StringTok{"point"}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-16-1.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{fviz\_pca\_ind}\NormalTok{(res\_pca,}\AttributeTok{axes =} \FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{1}\NormalTok{,}\DecValTok{4}\NormalTok{),}\AttributeTok{geom=}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\StringTok{"point"}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-16-2.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{fviz\_pca\_ind}\NormalTok{(res\_pca,}\AttributeTok{axes =} \FunctionTok{c}\NormalTok{(}\DecValTok{1}\NormalTok{,}\DecValTok{5}\NormalTok{),}\AttributeTok{geom=}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\StringTok{"point"}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-16-3.pdf} \#\# -Clustering - -\subsubsection{Clustering k-means}\label{clustering-k-means} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\#centrage et réduction des données} -\NormalTok{s }\OtherTok{=} \FunctionTok{scale}\NormalTok{(donnees\_transposees)} - -\NormalTok{Kmax}\OtherTok{\textless{}{-}}\DecValTok{15} -\NormalTok{reskmeanscl}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{matrix}\NormalTok{(}\DecValTok{0}\NormalTok{,}\AttributeTok{nrow=}\FunctionTok{nrow}\NormalTok{(s),}\AttributeTok{ncol=}\NormalTok{Kmax}\DecValTok{{-}1}\NormalTok{)} -\NormalTok{Iintra}\OtherTok{\textless{}{-}}\ConstantTok{NULL} -\ControlFlowTok{for}\NormalTok{ (k }\ControlFlowTok{in} \DecValTok{2}\SpecialCharTok{:}\NormalTok{Kmax)\{} -\NormalTok{ resaux}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{kmeans}\NormalTok{(s,k)} -\NormalTok{ reskmeanscl[,k}\DecValTok{{-}1}\NormalTok{]}\OtherTok{\textless{}{-}}\NormalTok{resaux}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{cluster} -\NormalTok{ Iintra}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{c}\NormalTok{(Iintra,resaux}\SpecialCharTok{$}\NormalTok{tot.withinss)} -\NormalTok{\}} - -\NormalTok{df}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{data.frame}\NormalTok{(}\AttributeTok{K=}\DecValTok{2}\SpecialCharTok{:}\DecValTok{15}\NormalTok{,}\AttributeTok{Iintra=}\NormalTok{Iintra)} -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(df,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{K,}\AttributeTok{y=}\NormalTok{Iintra))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_line}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_point}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{xlab}\NormalTok{(}\StringTok{"Nombre de classes"}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{ylab}\NormalTok{(}\StringTok{"Inertie intraclasse"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-17-1.pdf} nn -pense dénoter un coude dans la courbe d'inertie intraclasse aux -alentours de 4 clusters - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{Silhou}\OtherTok{\textless{}{-}}\ConstantTok{NULL} -\ControlFlowTok{for}\NormalTok{ (k }\ControlFlowTok{in} \DecValTok{2}\SpecialCharTok{:}\NormalTok{Kmax)\{} -\NormalTok{ aux}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{silhouette}\NormalTok{(reskmeanscl[,k}\DecValTok{{-}1}\NormalTok{], }\FunctionTok{daisy}\NormalTok{(s))} -\NormalTok{ Silhou}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{c}\NormalTok{(Silhou,}\FunctionTok{mean}\NormalTok{(aux[,}\DecValTok{3}\NormalTok{]))} -\NormalTok{\}} - -\NormalTok{df}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{data.frame}\NormalTok{(}\AttributeTok{K=}\DecValTok{2}\SpecialCharTok{:}\NormalTok{Kmax,}\AttributeTok{Silhouette=}\NormalTok{Silhou)} -\FunctionTok{ggplot}\NormalTok{(df,}\FunctionTok{aes}\NormalTok{(}\AttributeTok{x=}\NormalTok{K,}\AttributeTok{y=}\NormalTok{Silhouette))}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_point}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{geom\_line}\NormalTok{()}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{legend.position =} \StringTok{"bottom"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-18-1.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{aux}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{silhouette}\NormalTok{(reskmeanscl[,}\DecValTok{3{-}1}\NormalTok{], }\FunctionTok{daisy}\NormalTok{(s))} -\FunctionTok{fviz\_silhouette}\NormalTok{(aux)}\SpecialCharTok{+} - \FunctionTok{theme}\NormalTok{(}\AttributeTok{plot.title =} \FunctionTok{element\_text}\NormalTok{(}\AttributeTok{size =}\DecValTok{9}\NormalTok{))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## cluster size ave.sil.width -## 1 1 8 0.37 -## 2 2 16 0.53 -## 3 3 12 0.34 -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-18-2.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\FunctionTok{rm}\NormalTok{(df,Silhou,aux)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -Silhouette fait un pic à 5 et pas 4 :/ - -\subsubsection{visualisation du -clustering}\label{visualisation-du-clustering} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\#graphes des clusters} -\NormalTok{res\_kmeans }\OtherTok{=} \FunctionTok{kmeans}\NormalTok{(s,}\DecValTok{4}\NormalTok{)} -\FunctionTok{fviz\_cluster}\NormalTok{(res\_kmeans,}\AttributeTok{data=}\NormalTok{donnees\_transposees,} - \AttributeTok{ellipse.type=}\StringTok{"norm"}\NormalTok{,}\AttributeTok{labelsize=}\DecValTok{8}\NormalTok{,} - \AttributeTok{geom=}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\StringTok{"point"}\NormalTok{))}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Visualisation des clusters générés par la méthode kmeans dnas le plan factoriel 1,2"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-19-1.pdf} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\CommentTok{\# pour corréler à des variables qualitatives mais yen a pas la} - -\CommentTok{\#adjustedRandIndex(T$ExpT1,res\_kmeans$cluster) } -\CommentTok{\#adjustedRandIndex(T$ExpT2,res\_kmeans$cluster)} -\CommentTok{\#adjustedRandIndex(T$ExpT3,res\_kmeans$cluster)} - -\CommentTok{\#clust\textless{}{-}paste("Cl{-}K",res\_kmeans$cluster,sep="")} -\CommentTok{\#Tab\textless{}{-}melt(table(clust,donnees\_transposees[,1]))} -\CommentTok{\#ggplot(Tab,aes(y=value,axis1=clust,axis2=Var2))+} -\CommentTok{\# geom\_alluvium(aes(fill=clust))+} -\CommentTok{\# geom\_stratum(width = 1/12)+ } -\CommentTok{\# geom\_text(stat = "stratum", aes(label = after\_stat(stratum)))+} -\CommentTok{\# theme(legend.position = "none")} -\CommentTok{\#chordDiagram(table(clust,donnees\_transposees[,2]))} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -On remaque bien 3 clusters - -\subsubsection{PAM}\label{pam} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{res }\OtherTok{=} \FunctionTok{pam}\NormalTok{(s,}\DecValTok{4}\NormalTok{,}\AttributeTok{metric=}\StringTok{"euclidean"}\NormalTok{)} -\FunctionTok{fviz\_cluster}\NormalTok{(res,}\AttributeTok{data=}\NormalTok{donnees\_transposees,} - \AttributeTok{ellipse.type=}\StringTok{"norm"}\NormalTok{,}\AttributeTok{labelsize=}\DecValTok{8}\NormalTok{,} - \AttributeTok{geom=}\FunctionTok{c}\NormalTok{(}\StringTok{"point"}\NormalTok{))}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Visualisation des clusters générés par la méthode PAM dnas le plan factoriel 1,2"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-20-1.pdf} - -\subsubsection{clustering CAH}\label{clustering-cah} - -\begin{Shaded} -\begin{Highlighting}[] -\NormalTok{dx}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{dist}\NormalTok{(donnees\_transposees,}\AttributeTok{method=}\StringTok{"euclidian"}\NormalTok{)} -\NormalTok{hward}\OtherTok{\textless{}{-}}\FunctionTok{hclust}\NormalTok{(dx,}\AttributeTok{method =} \StringTok{"ward.D2"}\NormalTok{)} - - -\FunctionTok{fviz\_dend}\NormalTok{(hward,}\AttributeTok{k=}\DecValTok{4}\NormalTok{,} - \AttributeTok{show\_labels =} \ConstantTok{TRUE}\NormalTok{,} - \AttributeTok{rect=}\ConstantTok{TRUE}\NormalTok{,} - \AttributeTok{rect\_fill =} \ConstantTok{TRUE}\NormalTok{,} - \AttributeTok{palette =} \StringTok{"npg"}\NormalTok{,} - \AttributeTok{rect\_border =} \StringTok{"npg"}\NormalTok{,} - \AttributeTok{labels\_track\_height =} \FloatTok{0.8}\NormalTok{)}\SpecialCharTok{+}\FunctionTok{ggtitle}\NormalTok{(}\StringTok{"Dendogramme du clustering de l\textquotesingle{}ACP des variables Tt en tant qu\textquotesingle{}individus, obtenu par méthode CAH"}\NormalTok{)} -\end{Highlighting} -\end{Shaded} - -\begin{verbatim} -## Warning: The `` argument of `guides()` cannot be `FALSE`. Use "none" instead as -## of ggplot2 3.3.4. -## i The deprecated feature was likely used in the factoextra package. -## Please report the issue at . -## This warning is displayed once every 8 hours. -## Call `lifecycle::last_lifecycle_warnings()` to see where this warning was -## generated. -\end{verbatim} - -\includegraphics{Projet_files/figure-latex/unnamed-chunk-21-1.pdf} - -\subsubsection{Comparaison des -clusterings}\label{comparaison-des-clusterings} - -On voit bien qu'à 4 classes, les regroupements ne sont pas consistents -entre chaque méthode de clustering. A 3 classes nous obtenons une -classification qui ne change pas, ou presque, entre chaque méthode. Nous -décidons donc qu'il s'agit donc d'un bon choix de nombre de classes. - -La classification obtenue est en accord avec les observations faites -lors de l'ACP, on y retrouve plus ou moins les mêmes groupements : celui -majoritarement composé des relevés de T1 avec une majorité de gènes sans -changement d'expression relative, celui composé des relevés de T2 et T3 -aux heures des changements d'expression les plus brutaux, et finalement -celui s'étalant sur la droite qui semble représenter la fin de -l'évolution des traitements T2 et T3 où l'expression de gènes y est très -polarisée. - -\end{document} diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png index 88f8f00..a56db92 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png index b5cf19b..dafd661 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-2.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-2.png index 5b49412..5d040f1 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-2.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-12-2.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png index 1836d05..e6015dd 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png index b3aef2c..71c24a8 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png index 79e4bc9..2501c44 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png index 7ec72b5..d82524b 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-2.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-2.png index d82524b..65c70dc 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-2.png and b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-17-2.png differ diff --git a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png b/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png index 77551f2..fcfe44c 100644 Binary files a/Projet_files/figure-html/unnamed-chunk-18-1.png and 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