diff --git a/Projet.Rmd b/Projet.Rmd index bfff726..e5f8527 100644 --- a/Projet.Rmd +++ b/Projet.Rmd @@ -89,25 +89,43 @@ grid.arrange(g3,g1,g2,ncol=3) ``` ### Analyse de de ces 3 variables -On remarque que les traitements T1 et T2 semblent avoir un effet assez similaire sur l'expression des gênes relevée à la 6ème heure : Une polarisation entre la sous expression et la sur expression qui se partagent presque la totalité des relevés, avec un poids légèrement superieur à 55% pour la sur-expression au détriment de la sous-expression. +On remarque que les traitements T2 et T3 semblent avoir un effet assez similaire sur l'expression des gênes relevée à la 6ème heure : Une polarisation entre la sous expression et la sur expression qui se partagent presque la totalité des relevés, avec un poids légèrement superieur à 55% pour la sur-expression au détriment de la sous-expression. Cela a peut être un rapporrt avec le fait que T3 est une combinaison des traitement T1 et T2. T1 quant à lui se démarque grandement par une large majorité (Un peu plus de 80%), de gêne n'ayant pas changé d'expression après 6h de traitement. ### Expression relative des gênes mesurées à intervalle régulier #### Traitement T1 -```{r, fig.height=17} +```{r, fig.height=10} #apply(T[-c(37:39)],2,function(col){ # which(T == col) #hist(col, main = paste("Histogram of", colnames(T)[which(T == col)[2]]), # xlab = "Values", col = "lightblue", border = "black") #}) -T_long = melt(T[-c(37:39)]) +T_long = melt(T[c(1,2,3,4,5,6,19,20,21,22,23,24)]) ggplot(T_long, aes(x = value)) + geom_histogram(binwidth = 1, fill = "blue", color = "black", alpha = 0.7) + facet_wrap(~variable,scales = "free",ncol=6) + labs(title = "Histograms for Each Column", x = "Values", y = "Frequency") ``` +### Traitement T2 +```{r, fig.height=10} +T_long = melt(T[c(7,8,9,10,11,12,25,26,27,28,29,30)]) +ggplot(T_long, aes(x = value)) + + geom_histogram(binwidth = 1, fill = "blue", color = "black", alpha = 0.7) + + facet_wrap(~variable,scales = "free",ncol=6) + + labs(title = "Histograms for Each Column", x = "Values", y = "Frequency") +``` +### Traitement T3 +```{r, fig.height=10} +T_long = melt(T[c(13,14,15,16,17,18,31,32,33,34,35,36)]) +ggplot(T_long, aes(x = value)) + + geom_histogram(binwidth = 1, fill = "blue", color = "black", alpha = 0.7) + + facet_wrap(~variable,scales = "free",ncol=6) + + labs(title = "Histograms for Each Column", x = "Values", y = "Frequency") +``` + + ## tracer plusieurs matrices de covariances pour limiter le nombre de variables, soit pour chaque heure soit pour chaque traitement