From 6b0c2acc3018a0b62786ef38c3e750e68749ec5b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: thaaoblues Date: Fri, 27 Dec 2024 22:45:23 +0100 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?Tentative=20houleuse=20d'interpr=C3=A9tation=20?= =?UTF-8?q?de=20l'ACP?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- Projet.Rmd | 18 +++++++++++------- 1 file changed, 11 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/Projet.Rmd b/Projet.Rmd index deb6c29..1b53283 100644 --- a/Projet.Rmd +++ b/Projet.Rmd @@ -278,6 +278,9 @@ fviz_pca_var(res_pca,axes=c(1,2),label="none") ``` Contexte : les relevés aux heures sont décrits par les gènes ( les gènes sont considérés comme les variables). +- les genes proches d'un axe sont très représentés par celui-ci +- les genes dont l'angle entre eux est petit sont corrélés entre eux + #### Dire : Ce coté on voit bien qu'on est plus ce type de gènes et vers le haut c'est plutot ce type là etc... ## ON EST SENSE VOIR UN TRUC IMPORTANT D'APRES LA PROF MAIS JE VOIS RIEN ### interprétation globale du couple de graphes @@ -288,18 +291,19 @@ Il n'y a pas de tendance particulière sur la direction selon l'axe 2 des flèch Le traitement 1 est entièrement groupé sur des valeurs très negatives de l'axe 1. On remarque dans ce groupement la présence des T3 et T4 à la première heure de relevés d'expression des gènes. +axe 1: force du changement d'expression : si on sur-exprime/sous-exprime de beaucoup ( genre 0=>5) ou pas, polarisation ? -### hypothèses sur la signification +axe 2 : vers le haut => ça va changer d'expression bientot, vers le bas => ça se stabilise ( donc les genes pointant vers le haut changent d'expression, et ceux vers le bas ont tendance à rester plutot pareil ) -- qu'est-ce qu'ils ont en commun ces gènes polarisés qui pourrait décrire ces relevés aux différentes heures et les différents traitements - -- Dim 1 gènes qui varient progressivement et ceux qui varient rapidement ?? T1 prendrait ceux qui varient rapidement car de tout manière il ne les fait pas varier ? T2 et T3 p ? +#### On remarque que les traitements ne sont pas du tout décris de la même manière selon les horaires mais il y a une régularité d'apparition dans chaque tranche horaire. -En ayant en tête les histogrammes de l'analyse descriptive, on pourrait y voir un axe représentant l'expression : les valeurs négatives portent les gènes dont l'expression relative est généralement sous-exprimée est les positives ceux généralement sur-exprimés. +### hypothèses sur la signification : qu'est-ce qu'ils ont en commun ces gènes qui pourrait décrire ces relevés aux différentes heures et les différents traitements -On comprendrai alors que T1 fais se sous-exprimer le peu de gènes qu'il touche ? chelou ya à peu près autant de sous que de sur pour T1 + +En ayant en tête les histogrammes de l'analyse descriptive, on pourrait y voir un axe représentant l'expression : les valeurs négatives portent les gènes dont l'expression relative est. + En regardant le graphe des individus (résultats aux heures de relevés), on a effectivement les heures groupées à des valeurs negatives de l'axe 1 correspondant aux relevés du traitement 1 qui, souvenons-nous toujours des histogrammes, ne change l'expression relative que de très peu de gènes. @@ -312,7 +316,7 @@ En regardant les individus, on observe que plus l'heure est tardive, plus ils te -### afin de visualiser les corrélations des variables intiales avec toutes les méta-variables +### afin de visualiser les corrélations des variables intiales avec toutes les méta-variables (pas trs utile on a déjà le cercle) ```{r fig.height=18} corrplot(res_pca$var$cor[1:50,],method="ellipse", type="lower", bg = "lightgrey") ```